Come si è detto all'inizio, a caratterizzare l'immagine dell'intero abitato si erge, sul lato monte dell'attuale via XX Settembre, la mole della chiesa di S. Giovanni Battista; il suo aspetto attuale conta poco più di duecento anni di storia, ma per risalire alle origini di questo edificio, occorre riferirsi ai primi secoli di vita cristiana della città. Per la precisione, seppur in modo indiretto, occorre richiamare la presenza di Galla Placidia in Rimini, concordemente affermata dalle antiche fonti.

Infatti sappiamo che nel V secolo questa imperatrice, che realizzò il famoso mausoleo a Ravenna, eresse proprio in questa zona un tempio dedicato a S. Stefano per custodirvi addirittura un braccio del santo come reliquia. Della bellezza e della ricchezza di questa fondazione imperiale in realtà molto si favoleggiò nei secoli scorsi da parte degli eruditi, con certezza sappiamo però che essa era "combusta" (bruciata) nel VI secolo, per cui occorreva già ricostruirla, mentre nel XII secolo risultava nuovamente distrutta, come riportato in una bolla di Papa Lucio II.

In questa bolla di Lucio II risulta infine evidente il nesso tra l'edificio di S. Stefano e quello di S. Giovanni Battista: vi si afferma, infatti, che la chiesa "sancti Johannis Baptistae quae vocatur foris porta , cum destructa eclesia sancti stephani, quae invicem sibi cohaerent", ovvero erano adiacenti l'uno all'altro. La chiesa di S. Stefano, poi, a quanto pare non fu più ricostruita e la reliquia del Santo fu trasferita nel vicino santuario di S. Gaudenzo.

Se la bolla di Lucio II, come detto, mostra una relazione certa tra le costruzioni di S. Stefano e di S. Giovanni Battista, va anche considerato però che quest'ultima è già citata, da sola, come monastero, nel X secolo, per poi comparire frequentemente nei documenti durante tutto il basso medioevo.

Passiamo così direttamente alla prima metà del XVI secolo quando veniamo a sapere da diverse fonti che la nostra Chiesa aveva tre altari ed era di piccole dimensioni, con un portico in facciata sotto il quale erano alcune sepolture e, forse, anche un'arca. Una torre delle fortificazioni borghigiane sorgeva in prossimità della sua abside.

Questa doveva essere la situazione quando i Padri Carmelitani, poco tempo dopo il loro arrivo effettivo in Rimini, la rilevarono il 17 Maggio 1573 dalla Venerabile Compagnia di S. Giovanni Battista del Borgo, una compagnia della quale molto non è noto se non che era assai antica e che sino allora aveva avuto qui il luogo delle proprie riunioni. Per l'esattezza la compagnia si riservò poi un vano negli ambienti adiacenti la chiesa per svolgervi le proprie attività e solo in seguito verrà costruito un apposito oratorio in un'altra parte del Borgo: si trova citato nei documenti sino alla fine del XVIII secolo.

Quanto ai Carmelitani, essi ampliarono poi la propria sede nella prima metà del XVII secolo e nuovamente nel secolo successivo, quando le venne dato l'aspetto che tuttora conserva. Nei primissimi anni del XVII secolo era stato costruito anche un comodo convento col chiostro, oggidì ancora esistente anche se destinato ad usi diversi, non tutti congrui con la storia del complesso.

Nel 1797 i Padri del Carmelo dovettero lasciare Rimini in seguito alla soppressione decretata dal Governo Napoleonico; subentrarono ad essi in quell'anno i Cappuccini provenienti da un Monastero situato nella zona dell'antico anfiteatro romano; essi rimasero in S. Giovanni per pochi anni, ovvero sino a quando anch'essi, nel 1805, furono cacciati da Napoleone. Da allora la chiesa è semplice parrocchia.

Poiché, in realtà, S. Giovanni Battista di Rimini, nonostante mutamenti di non grande entità, mantiene ancora l'aspetto conferitole dai Carmelitani e poiché durante la loro permanenza il complesso conventuale assunse la massima importanza nella sua storia, ci pare opportuno, prima di addentrarci nella descrizione del monumento, dare qualche nota sulle origini di questo ordine religioso.

I Carmelitani prendono il loro nome dal Monte Carmelo, in Palestina, dove è accertato che nel XII secolo era riunita una comunità di asceti ai quali il Patriarca di Gerusalemme, Alberto da Vercelli, lasciò la regola che tuttora l'Ordine professa.

Esiste però anche una tradizione, che tra l'altro ebbe anche notevole rilevanza nelle dispute tra gli storici cattolici nei secoli scorsi, che vuole che l'Ordine discenda direttamente da nient'altro che il Profeta Elia in persona, la cui missione sarebbe poi stata continuata da Profeta Eliseo e da altri, per arrivare sino alla Nascita del Cristianesimo, al quale poi i membri aderirono, cooperando alla predicazione.

Di certo comunque sappiamo che questi religiosi svilupparono una grande devozione per la Vergine Maria alla quale era intitolato un tempio sul Monte Carmelo. Con l'arrivo dei musulmani la presenza dell'Ordine nelle sue zone di origine divenne però ben presto difficile e, dopo alcuni tentativi di convivenza in nome della comune venerazione per il Profeta Elia, i Carmelitani furono costretti a lasciare la Palestina nel XIII secolo, diffondendosi poi nell'intera Europa.